Berdasarkan perkembangan pertanian organik periode tahun 2001 hingga 2006, ditemui beberapa permasalahan yang terkait dengan budidaya, sarana produksi, pengolahan hasil, pemasaran, sumber daya manusia, kelembagaan dan regulasi.
Budidaya
Permasalahan yang berkaitan dengan budidaya pertanian organik antara lain :
Luas lahan yang menerapkan sistem pertanian organik relatif kecil dan terletak di sekitar lahan budidaya non organik (konvensional).
Lahan yang digunakan untuk budidaya pertanian organik secara umum relatif kecil dibandingkan dengan lahan yang digunakan untuk budidaya pertanian non organik (konvensional). Hal ini terkait dengan kepemilikan lahan petani yang kecil sehingga ketika petani tersebut merubah sistem budidayanya menjadi pertanian organik, luas lahan yang digarap atau diusahakan hanya seluas lahan yang dimilikinya.
Demikian halnya dengan lahan yang diusahakan oleh kelompok tani organik, luasannya masih kecil karena tidak semua anggota dalam kelompok tani tersebut merubah budidaya pertaniannya dari konvensional ke organik.
Kecilnya lahan yang diusahakan, juga terbentur pada lokasi lahan yang berada di sekitar lokasi atau di tengah lokasi budidaya pertanian konvensional. Posisi lokasi seperti ini menimbulkan beberapa kerawanan dalam menjalankan budidaya pertanian organik dan menjaga status organik lahan, air serta produk yang dihasilkan. Besar kemungkinkan, lahan yang diusahakan secara organik terkena pencemaran pestisida kimia, pupuk kimia dan cemaran bahan kimia lainnya dari pertanian konvensional melalui air dan udara.
Sumber air yang ada sudah tercemar pupuk, pestisida dan bahan kimia lainnya.
Sumberdaya air sangat berperan dalam menunjang keberhasilan usaha pertanian, tidak terkecuali pertanian organik. Budidaya pertanian organik memiliki kekhasan yaitu dengan dipersyaratkannya minimal cemaran dari bahan-bahan kimia sintetis yang berasal dari lingkungan sekitar.
Berkaitan dengan sumber daya air, saat ini kondisi sumber air di sentra-sentra pertanian telah tercemar bahan kimia sintetis seperti pupuk dan pestisida kimia. Kondisi ini menjadi masalah bagi petani organik, karena untuk mendapatkan air yang bebas atau minimal bahan pencemar harus dilakukan dengan cara:
- mencari sumber air alternatif seperti sumur bor;
- membuat saluran air dari bagian hulu sungai;
- mengolah air terlebih dahulu dengan cara mengendapkan atau memberi perlakuan agar dihasilkan air yang sudah tidak tercemar.
Lahan pertanian organik belum terlindungi.
Penerapan pertanian organik secara ideal berada pada suatu lokasi yang bebas dari cemaran. Dalam kondisi sekarang hal itu sulit diwujudkan karena air yang digunakan adalah irigasi bersama. Asupan zat-zat kimia yang diberikan pada lahan sawah yang dekat dengan irigasi akan terbawa kemana air akan mengalir. Sehingga meskipun seorang petani tidak menggunakan pupuk dan obat kimia maka akan memperoleh cemaran dari petak lain yang menggunakan zat-zat tersebut. Saat ini banyak lahan pertanian yang disewa oleh petani pebisnis maupun pemodal asing untuk kegiatan hortikultura. Sistem pertanian yang dikembangkan sangat banyak menggunakan pupuk dan obat kimia. Sekalipun lahan hortikultura tersebut pada lokasi yang terisolasi apabila ada hujan maka zat-zat kimia tersebut akan terbawa kemana-mana dan mencemari lingkungan.
Pembangunan pertanian belum terintegrasi dengan pembangunan peternakan.
Kebanyakan petani tidak lagi memelihara ternak. Kondisi yang demikian membuat khawatir para petani konvensional bahwa mereka akan mengalami kesulitan apabila akan melaksanakan pertanian organik karena masih harus juga membeli pupuk. Disisi yang lain berbagai bantuan ternak dari pemerintah belum diintegrasikan dengan potensi pertanian sehingga belum optimal dalam mendukung pembangunan pertanian.
Kegagalan menjaga kepercayaan pasar.
Masalah pemasaran dan menjaga kepercayaan pasar sering kali menjadi penyebab bubarnya kelompok- kelompok tanaman organik karena tidak dipercaya lagi oleh pasar. Selama ini produk organik khususnya beras dijual pada suatu jaringan tertentu yang dikembangkan oleh kelompok. Para konsumen dapat disebut sebagai pelanggan. Banyak kelompok atau pelaku tanaman organik yang gulung tikar karena tidak mempunyai jaringan pemasaran atau karena kehilangan kepercayaan dari pasar.
Dukungan pemerintah masih kurang.
Kehidupan para petani dari waktu ke waktu semakin terpuruk. Hal ini menurut Rama Kirjito karena belum ada kebijakan pemerintah yang berpihak kepada petani. Petani dibiarkan berjuang sendirian. Para petani melakukan kegiatan pertanian hanya sekedar untuk bertahan bisa makan. Saat ini semakin sedikit petani yang mampu menyekolahkan anak-anak mereka sampai ke jenjang perguruan tinggi. Isu ketahanan pangan hanyalah sesuatu yang bersifat politis karena dalam kenyataannya kita masih tetap bisa makan. Ini dimunculkan supaya seolah-olah ada kepedulian dari pemerintah kepada para petani. Karena berbagai persoalan ini menjadi kurang relevan untuk berbicara mengenai tanaman organik atau non organik. Dalam pandangan Rama Kirjito, saat ini Pertanian Organik sulit dijadikan perjuangan politik. Aspirasi petani tidak pernah diangkat dalam konstelasi politik.